Od 1936 roku Niemcy wdrażali politykę Lebensborn, czyli "źródło życia". Zakładali ośrodki dla kobiet i dzieci, gdzie wychowywano idealnych aryjczyków. Sekretny dom opowiada o jednym z takich miejsc... Gdy oczekująca narodzin dziecka Ruth staje przed monumentalnym budynkiem dawnego szpitala w Kunzendorfie, ma głowę i serce przepełnione ideami, które wpajano jej od kołyski. Wierzy w Trzecią Rzeszę i z dumą przyjmuje zadanie, jakie Himmler i Hitler wyznaczyli niemieckim kobietom. Chce urodzić dziecko i pomóc w wychowaniu kolejnego pokolenia aryjskich wojowników. Tygodnie spędzone w domu matek weryfikują jej wyobrażenia. Poznaje Tobiasa Krausa, syna naczelnika miejscowego biura NSDAP, i odkrywa mroczną stronę programu Lebensborn, w który tak mocno wierzyła. Czy w Kunzendorfie znajdzie upragniony spokój? Jakie tajemnice kryją mury ośrodka Lebensborn?

Styczeń 1945 roku. Armia Czerwona zbliża się do Kunzendorfu. Dla garstki kobiet i dzieci, które nadal przebywają w Domu Matek ośrodka Lebensborn, nadchodzi czas pełen strachu i trudnych decyzji. W chaosie ostatnich tygodni wojny nikt nie dba o cywilów. Ruth, Annabelle i Brygid uciekają z setkami innych, byle dalej od łap sowieckich żołnierzy. Gdy docierają do Bad Reinerz w Sudetach, mają nadzieję odetchnąć i bezpiecznie doczekać końca wojny. Jednak kilka miesięcy później młode Niemki muszą się zmierzyć nie tylko z okrutną powojenną rzeczywistością, ale też ze świadomością krzywd wyrządzonych przez ich własny naród. Czy Ruth uda się wrócić po schowane w gasthausie Neumannów teczki polskich dzieci porwanych przez Lebensborn? Czy mimo dramatycznych przeżyć dziewczyna zdoła spełnić obietnicę daną ukochanemu?

Jest wiosna 1944 roku. W cieniu wojny wśród mazurskich jezior rodzi się uczucie, które może kosztować życie... Amalia Heyn to córka bogatych mazurskich gospodarzy, lecz od dnia ślubu z Niemcem należy do rodziny nazistów. Dziewczyna jest świadoma okrucieństwa wojny, martwi sięo życie walczącego na froncie męża, ale nie umie się odnaleźć wsród ludzi ślepo wierzących w potęgę Hitlera i Rzeszy... Do gospodarstwa Heynów trafia Piotr Liszkiewicz, polski robotnik przymusowy. Tajemniczy mężczyzna pała nienawiścią do Niemców. Marzy o zemście. Nie zdaje sobie sprawy, że jedyną osobą, która dobrze mu życzy, jest Amalia. Mimo początkowej niechęci między Amalią a Piotrem nawiązuje się nić porozumienia. Oboje wiedzą, że ich przyjaźń jest zakazana, jednak z czasem serca przestają słuchać rozumu... Co zrobić z rodzącą się miłością, za którą grozi śmierć?

Wojna się kończy... Kto zapłaci najwyższą cenę za przegraną III Rzeszy? Kilka tygodni po rozstaniu z Piotrem Amalia wraz z innymi mieszkankami Schönwalde ucieka przez zbliżającymi się Sowietami. Mroźna zima utrudnia ewakuację i kobietom nie udaje się dotrzeć w głąb Rzeszy. Kiedy wycieńczone uciekinierki trafiają na oddziały wroga, na własnej skórze doświadczają bestialstwa Rosjan. Muszą szukać kolejnych kryjówek, a ostatecznie podejmują decyzję o powrocie do rodzinnej wioski. Mają nadzieję, że najgorsze już za nimi... Czy Amalii uda się połączyć z rodziną? Co ją czeka w miejscu, które nazywała domem? I czy w czasie wojennej zawieruchy ponownie spotka się z Piotrem?

Jesień 1945 roku. Polacy zajmują Prusy Wschodnie, a dla ich mieszkańców rozpoczyna się czas wysiedleń. Amalia wydostała się z bydlęcego wagonu, którym wywożono Niemców i Mazurów na zachód. Udało się to dzięki interwencji Piotra - mężczyzna skłamał, że są małżeństwem. Kobieta rozpoczyna więc nowe życie, podając się za żonę Polaka. Rozdarta między miłością do mężczyzny a miłością do rodziny, zadręcza się niepokojem o przebywającą w Niemczech córeczkę oraz pozostawioną w Schonwalde siostrę. Komuniści, którzy przejmują władzę w Polsce, dążą do weryfikacji narodowościowej autochtonów, co sprawia, że nie jest łatwo być Mazurką w powojennym świecie. Życie byłoby prostsze, gdyby Amalia zadeklarowała polską narodowość, do czego namawia ją ukochany. Jakich wyborów dokona? Czy zobaczy jeszcze córkę? I czy zdołają z Piotrem ocalić łączące ich uczucie?